آیت الله العظمی مظاهری فعالیتهای علمی و حوزوی حجت الاسلام و المسلمین حاج سید حسن خمینی را مورد تحسین و قدردانی خاص قرار داد و تصریح کرد: شما به یاری خداوند تعالی یکی از امیدهای آینده حوزه علیمه قم هستید و امید است با استمرار و تعمیق تلاشهای حوزوی خود،همانند گذشته زا راه نورانی و اندیشه تابناک امام راحل عظیم الشان«قدس سره»صیانت و حراست نمائید.

آیت الله العظمی مظاهری در دیدار با سید حسن خمینی تاکید کرد، حفظ حرمت بیت امام بر همگان لازم و ضروری است.
حجت الاسلام و المسلمین سید حسن خمینی پنجشنه 12 فروردین، مصادف با روز جمهوری اسلامی، با حضور در بیوت حضرات آیات مظاهری و طاهری اصفهانی در شهر اصفهان با یاران دیرین امام دیدار و گفتگو کرد.پایگاه اطلاع رسانی دفتر آیت الله مظاهری در گزارشی درباره این دیدار نوشت :
حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج حسن خمینی،با مرجع عالیقدر حضرت آیت الله العظمی مظاهری «مدظله العالی»دیدار و گفتگو کرد.در این دیدار که حضرت آیت الله سید محمد موسوی بجنوردی نیز حضور داشت، حضرت آیت الله العظمی مظاهری « مد ظله العالی» طی سخنانی،جایگاه حضرت امام خمینی«قدس سره»در قلوب ملت ایران و همه مسلمانان و آزادگان جهان را،جایگاهی برجسته و کاملا بی بدیل دانسته وبا تاکید بر ضرورت حفظ و صیانت مستمر از راه و اندیشه بزرگ امام خاطر نشان کردند:بیت شریف امام راحل عظیم الشان نیز به عنوان یکی از یادگارهای ایشان،از ارزش و حرمت ویژه برخوردار است و حفظ هویت واحترام آن بیت مکرم در پرتو اندیشه و راه امام بزرگوار،برای همگان امری لازم و ضروری است.
حضرت آیت الله العظمی مظاهری در بخش دیگری از سخنان خود با تکریم نام و یاد مرحوم حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج سید احمد خمینی«رحمه الله علیه»فعالیت های علمی و حوزوی حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج سید حسن خمینی را مورد تحسین و قدردانی خاص قرار داده و تصریح کردند:شما به یاری خداوند تعالی یکی از امیدهای آینده حوزه علیمه قم هستید و امید است با استمرار و تعمیق تلاش های حوزوی خود،همانند گذشته زا راه نورانی و اندیشه تابناک امام راحل عظیم الشان«قدس سره»صیانت و حراست نمائید.
در این دیدار حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج سید حسن خنینی نیز طی سخنانی با ابراز قدردانی صمیمانه از بیانات حضرت آیت الله العظمی مظاهری،سخنان ایشان را موجب دلگرمی هر چه بیشتر خود دانسته و از توجه ویژه و خاص معظم له تشکر نمود.